Entidades Públicas
Con la firma del Marco de Asociación, se estableció el Comité Técnico Gestor (CTG), órgano donde se concretan los programas de cooperación bilateral y las entidades públicas participantes en los mismos. El CTG lo integra el Viceministerio de Cooperación al Desarrollo, Secretaría Técnica de la Presidencia y Ministerio de Hacienda, y por parte española la Embajada de España y la AECID. El CTG se reúne dos veces al año.

ONGD
La AECID,  las Comunidades Autónomas y Entidades Locales españolas destinan una parte de sus recursos a la cofinanciación de proyectos de cooperación de ONGD españolas, que establecen alianzas y trabajo conjunto con ONG locales. Las convocatorias de proyectos se convocan anualmente. Las ONG españolas formulan conjuntamente con las ONG locales las propuestas que se someten a la convocatoria. De este modo, aquellas ONG locales que quieran concurrir a esta convocatoria de proyectos deben presentarse asociadas con ONG españolas inscritas en el registro de ONGD de AECID.

Personas físicas
Las personas físicas pueden acceder a la cooperación española, únicamente, a través de las Acciones de Cooperación al Desarrollo, convocatorias que se publican en esta web periódicamente, para la realización de proyectos o actividades de iniciativa particular en materia de cooperación al desarrollo, en aquellas áreas prioritarias de la cooperación española en El Salvador. Igualmente, las personas pueden acceder a los programas de becas.

Universidades
El Programa de Cooperación Interuniversitaria (PCI) se basa en la creación de proyectos conjuntos de investigación, de docencia, de postgrado y tercer ciclo, así como en acciones complementarias y redes temáticas. Pueden participar docentes y universidades españolas, públicas y privadas, Organismos Públicos de Investigación (OPI) y otras entidades de investigación y docencia, españoles, iberoamericanos entre cuyos fines legales o estatutarios conste la investigación y la docencia de postgrado o tercer ciclo.

Becas
A través de los instrumentos de becas, lectorados y PCI, se busca contribuir al progreso de los sistemas científicos de los países socios y promover su orientación hacia la solución de los problemas del desarrollo. Las personas salvadoreñas licenciadas pueden optar a las becas MAEC-AECID y las becas de la Fundación Carolina.

PIFTE
El Programa Iberoamericano de Formación Técnica Especializada (PIFTE) ha tenido como objetivo esencial desde su creación en 1987, contribuir al desarrollo, modernización y fortalecimiento de las instituciones públicas iberoamericanas, a través de la capacitación técnica de recursos humanos, teniendo en cuenta la transversalización del enfoque de género y de inclusión de pueblos indígenas.
La finalidad del programa es fomentar la prestación de servicios públicos, mejorando la atención e integración de la ciudadanía en una administración pública más eficiente, accesible y democrática.